Esta é uma questão bastante razoável. Estritamente falando, sua melhor aposta para responder teria sido congelar seu sistema e realizar testes forenses. Qualquer intervenção posterior da sua parte, incluindo remoção de vírus, irá alterar e possivelmente apagar completamente qualquer migalha deixada pelo seu intruso.
Considerando que esse caminho não está mais aberto a você, o melhor é usar um verificador de vulnerabilidades, um programa ou seja, projetado exatamente para testar a sua instalação com ênfase. Há muito, você pode apenas Google o termo Vulnerability Scanner , mas de longe o mais conhecido é Nessus . Ele vem em várias versões, do livre ao pago com licenças diferentes, e pode se tornar muito caro, possivelmente mais do que você está disposto a desembolsar.
No entanto, há também uma versão gratuita, que vem pré-instalada no Kali Linux . Você terá que registrá-lo, mesmo que seja completamente gratuito. Muitos de nós usamos o Kali instalando-o em uma VM em um laptop, e depois realizando os testes de estresse fora de nossas casas, para ver quais defeitos (= vulnerabilidades não-corrigidas e conhecidas, na maioria das vezes) são deixados nos aplicativos em execução em um laptop. Servidor voltado para a Internet.
Existem guias ensinando como usar isso em toda a Internet, e você pode experimentá-lo também dentro de sua própria LAN (se confiar no seu firewall), e até mesmo dentro do mesmo computador, se você estiver executando o Kali como uma VM.