Existe uma maneira mais fácil de corrigir isso, mesmo com o exo instalado (eu uso o unity AND xfce4-panel, então eu precisava dos dois).
Abra ~/.local/share/applications/mimeapps.list
em um editor (faça um backup apenas no caso!). Remova as seguintes linhas:
x-scheme-handler/file=exo-file-manager.desktop
x-scheme-handler/trash=exo-file-manager.desktop
Salvar, e isso deve funcionar agora.
Alguns usuários precisarão fazer exatamente as mesmas alterações em /usr/share/xubuntu/applications/defaults.list
também. As linhas podem ser comentadas adicionando #
no início de cada uma. A correção funciona depois de fazer login novamente.