Você pode usar:
xdotool getmouselocation
para obter a posição atual do mouse. Então você pode encontrar maneiras de desenhar algo na posição do mouse.
Exemplo de uso usando xwinwrap e ImageMagick, que exibe 1.png por 3 segundos, mas pode ser necessário alterar algumas configurações do gerenciador de janelas para que ele funcione:
xwinwrap -g 100x100+$(xdotool getmouselocation|sed -r 's/^x:([0-9]+) y:([0-9]+) .*$/print -50;"+";-50/'|bc) -ni -a -st -sp -nf -o 0.5 -sh circle -- bash -c 'display -window $0 1.png;sleep 3s' WID