Dependendo do seu conhecimento técnico e hardware:
Solução simples: Copie os dados que você quer para o disco antigo e, digamos, um disco rígido portátil (barato hoje em dia), então você pode formatar o disco antigo e mover os dados de volta.
Igualmente simples, mas requer conhecimento de linux: Crie um disco de inicialização do Ubuntu em um pendrive (google "yumi boot"), inicialize o Ubuntu a partir do pendrive, monte sua partição do disco rígido antigo e você pode excluir o que quiser com o rm. Esta solução requer um pouco de conhecimento técnico.
Você pode usar o gparted para adicionar / deletar / redimensionar partições em qualquer disco (vale a pena fazer antes você mover seus dados de volta se você estiver indo para a opção 1 acima). Portanto, se você fez o backup de seus dados desejados, é possível remover TODAS as partições e, em seguida, adicionar uma partição grande antes de mover os dados de backup novamente.
Pingers.