Na guia Arquivos de saída, em suas preferências, além de especificar um caminho padrão, você precisa digitar na caixa "Formato" {source}
, que informa ao programa para nomear os arquivos de saída com o mesmo nome do arquivo de origem. Existem outras opções de formatação disponíveis, se você estiver interessado. Passe o mouse sobre o campo "Formato" para ver.
EDIT: eu tentei reproduzir o problema no meu, removendo {source}
, mas não consigo reproduzir o mesmo problema. Em vez disso, o programa gera automaticamente um nome variável para evitar conflitos. Talvez você esteja em uma versão mais antiga? (O meu já é bastante antigo em 0.10.2.7286) De qualquer forma, comente se a minha solução sugerida não funcionou.