Para responder diretamente à sua pergunta: Não, não há como (até onde eu sei) criar um programa para solicitar uma senha em vez de falhar quando não houver permissões suficientes para executar uma operação. Existem duas opções:
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Alguns programas estão cientes de que precisam de privilégios administrativos para algumas operações e solicitam uma senha antes de fazer algo (por exemplo, o Software Center solicita uma senha antes de instalar programas).
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A maioria dos outros programas precisa ser iniciada com os privilégios necessários. Como já foi mencionado, você precisa usar
sudo [command]
(no terminal),gksu [command]
(no Gnome / Unity) oukdesu [command]
(no KDE) para isso.