O backup do seu arquivo OST provavelmente funcionará, mas é mais provável que funcione sem problemas se você usar a opção de arquivamento interna do Outlook. Isso também deve mover as mensagens para fora da caixa de correio ativa (e fora do servidor).
Como você disse, isso apenas os remove da caixa de correio ativa. Se houver um backup da sua caixa de correio no servidor em algum lugar (provavelmente há), os emails não serão removidos até que o backup seja feito.