Execute chkdsk /f em todas as suas unidades, especialmente na unidade externa.
O objetivo desta ação: chkdsk significa check disk . Ele verifica o sistema de arquivos do disco especificado (e o repara, se /f for usado).
Devido aos milhares e milhões de operações de disco, algo pode dar errado no final. Assim, você deve executar o chkdsk de tempos em tempos, especialmente quando você encontrar falhas de disco como você mencionou.