Você tem três opções principais
Opção 1:
Obtenha seus 5000 pdfs. Faça 10 pastas de 500. Execute 10 pesquisas individuais.
Opção 2:
A pesquisa do Windows (definitivamente 10, não tenho certeza sobre os outros, mas vale a pena um tiro) funciona através de arquivos PDF. Basta ir para a sua pasta, digite sua palavra-chave, todos os arquivos relevantes devem ser devolvidos.
Opção três:
Bibliotecas como iTextSharp permitem que você obtenha o texto de um documento em algo como C #. Você pode percorrer todos os documentos e fazer o que precisa com eles, supondo que você seja capaz de usar o C #.
Aparentemente, o FoxIt reader oferece uma pesquisa semelhante através da função de pasta - não sei se isso está limitado a 500 também.