Por padrão, o Apache no Ubuntu é executado como www-data.
Vamos supor que sua pasta esteja localizada em / var / www / mysite.
Você pode fazer isso:
chown -R www-data:www-data /var/www/mysite
chmod -R og-r /var/www/mysite
Depois de fazer isso, o www-data (o servidor da Web) terá acesso total aos arquivos do site, enquanto outros usuários não-root não terão acesso algum.
Se você deseja permitir que usuários selecionados acessem o site, você pode tornar a pasta legível por grupo e adicionar esses usuários ao grupo www-data.