O problema também ocorre no meu Chrome 46. Também procurei essa postagem ( crbug.com/142038 ).
E eu recebi uma resposta desse post, um deles me disse para verificar se alternar a bandeira chrome://flags/#disable-slimming-paint
torna diferente.
Por isso, ativo a bandeira, e esses blocos pretos desapareceram. Portanto, acho que você pode tentar essa solução alternativa.
E eu postei um novo problema no crbug.com, que está relacionado a esse problema. ( crbug.com/547356 )
E você pode postar uma resposta para confirmar o problema se tiver tempo livre.