Você tem, talvez, o Wizmouse instalado em sua máquina? Se você fizer isso, provavelmente sabe disso, mas esse software permite a rolagem de janelas inativas.
Trabalhei muito bem quando eu tinha o Windows 7 instalado. Vem o Windows 10 e eu sou capaz de rolar para qualquer janela, exceto o menu Iniciar e outros aplicativos e configurações nativas. Graças a essa resposta , resolveu o problema, desinstalando o Wizmouse. O Windows 10 tem recurso nativo de rolagem de janela inativa, de qualquer forma.