Eu tive um problema semelhante. Parece que o que causou isso para mim foi tentar personalizar o explorador usando a linha de comando. Acabei com o problema de copiar / mover e abrir em nova janela.
Este é o comando que quebrou as coisas para mim:
%SystemRoot%\explorer.exe /e,/root,::{450d8fba-ad25-11d0-98a8-0800361b1103}
Eu achei este caso, e parece que a redefinição das opções de pasta no registro pode impedir que você tenha que fazer uma restauração do sistema ou recriar o usuário. Aqui está o KB relacionado .
Acabei tendo que excluir e recriar o BagMRU e o Bags (comparei o meu registro antes e depois da corrupção em busca de diferenças, também comparei ao caso da MS).
[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\BagMRU]
[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags]
Houve mais diferenças, mas este foi o primeiro que tentei e resolveu pelo menos o problema de abrir novas janelas. Eu não estava mais sofrendo a falha porque eu tinha feito uma restauração do sistema.