O segmento re-muxed tem uma taxa de bits média maior do que o original, mas isso não significa necessariamente que ocorreu qualquer recodificação.
A seção que você está cópia em fluxo provavelmente tem cenas mais complexas do que a média das cenas do restante do vídeo e sua entrada provavelmente não está usando uma taxa de bits constante, então a taxa de bits aumenta em cenas mais complexas.
Eu tive que fazer algumas suposições porque você não forneceu nenhuma informação sobre sua entrada ou a saída completa do console de seu comando ffmpeg
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