poderia ser que o grande número de atualizações precisa de tempo para ser manipulado (compilado?): Verifique se existe uma tarefa TrustedInstaller.exe que continua em execução o tempo todo. Em caso afirmativo, dar-lhe mais uma noite ou mais para executar (para o meu laptop bastante rápido, dot.net 4.5 sozinho levou 9 horas para terminar isso, o que quer que ele faz). O processo geralmente volta após as reinicializações também, mas ele progride e, finalmente, ele termina e desaparece, e deve ser rápido novamente.
Isso é só uma tentativa, pode ser muitas outras razões.