Parece que o XDG_DESKTOP_DIR está apontando para o diretório $HOME . Se esse for o caso, então ele deve estar apontando para $HOME/Desktop
Para alterar isso, navegue até o diretório .config . Ctrl+h mostra arquivos / diretórios ocultos no gerenciador de arquivos.
Procure um arquivo chamado user-dirs.dirs , esse é o arquivo que você irá editar.
A partir deste arquivo, você pode definir os diretórios padrão para vários itens, como Downloads, Documentos, Vídeo, etc.
procure a linha XDG_DESKTOP_DIR e defina como:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
Salve, saia e reinicie o gerenciador de arquivos e, possivelmente, sua máquina.