Não há nenhum contador de tráfego embutido no OpenVPN, então você deve estar usando software adicional para fazer a contagem de tráfego. Você provavelmente deve fornecer mais detalhes aqui. (De onde você está pegando as informações do contador de tráfego, o SO que você está usando, etc.)
FTP é um protocolo confuso. Eu postularia que há um problema relacionado ao rastreamento de conexão / NAT para o protocolo e que alguma regra de contagem de tráfego está sendo interceptada antes que o tráfego atinja as regras associadas ao OpenVPN.
O problema quase certamente não está relacionado à configuração do OpenVPN, já que o tráfego não passaria se estivesse errado.