Sistema - > Preferências - > Monitores fornece uma interface gráfica útil para configurar isso facilmente. Isso funciona muito bem para mim usando os drivers ATI de código aberto. Eu duvido que você encontre grandes problemas (usando uma placa gráfica razoavelmente convencional). Se você estiver usando drivers proprietários, pode ser necessário usar a própria ferramenta do vendedor, por exemplo, o utilitário de configuração da Nvidia.
Não deve 'quebrar' nada, na pior das hipóteses você acaba com a mesma coisa em ambas as telas.