Eu tenho a mesma necessidade. O problema com a lista de reprodução é que o ffmpeg precisa lê-la inteiramente antes que a decodificação comece, então você não pode criar os vídeos na hora. Mas referindo-se ao ffmpeg wiki: "é possível referir outra lista no final da lista atual"
Eles fornecem um script em lote aqui
Talvez você possa usar a segunda lista de reprodução para os vídeos ainda não criados e voltar para a primeira lista ...
Espero que ajude. Eu não sou muito bom em scripts de shell, então, por favor, me chame se você conseguir fazer isso funcionar.
Boa sorte!