ProcessExplorer é uma ferramenta muito útil para detectar problemas com variáveis de ambiente e coisas ... Eu acho que você tem problema por causa da expansão de variáveis. Tente seguir
gvim --windowid !ConEmuBackHWND! -new_console:sH
Quando você executa o comando com sinais de porcentagem, a CLI substitui as variáveis antes de ConEmu obter o comando. Então, você estava tentando executar o gvim em uma nova divisão, mas dizendo a HWND da divisão antiga .
Quando você usa sinais de exclamação, as variáveis não são expandidas, o ConEmu obtém o comando intocado e o !ConEmuBackHWND!
está expandindo pelo próprio ConEmu no momento apropriado, depois que a divisão é criada e novas variáveis são inicializadas.