Francamente, se você não quiser ou não puder para usar a RAM ECC eu não consideraria o uso de um sistema de arquivos de auto-recuperação como o ZFS (como discutido no post do fórum) ou Btrfs.
A razão é simplesmente que os recursos de "autocura" podem se tornar "autodestrutivos" se houver um problema de RAM.Em vez disso, em um sistema RAM não-ECC, você provavelmente seria melhor executar um sistema de arquivos regular como o ext4. Com o estado do Btrfs hoje (começando a se tornar estável, mas ainda com algumas arestas que precisam ser suavizadas e ainda não foram vistas implementações significativas no mundo real e experiência com falhas), isso me faria sentir muito mais confortável. Mesmo o ZFS, que é relativamente comprovado como um sistema de arquivos, ainda apresenta algumas falhas nos hosts Linux; O Btrfs não é tão maduro quanto o ZFS.
Para detectar a podridão de bits em um sistema de arquivos que não tem a capacidade de validar nativamente as somas de verificação de dados, você pode usar qualquer uma das ferramentas disponíveis para essa finalidade. Uma dessas ferramentas, que eu não sou afiliado, é hashdeep que pode fazer hashes MD5, SHA1, SHA256, Tiger e Whirlpool. Se você executar isso regularmente (o mesmo que faria com uma limpeza do sistema de arquivos ZFS ou Btrfs), você pode estar razoavelmente seguro de que encontrará qualquer degradação que possa acontecer. Você pode restaurar os arquivos afetados dos backups, no local ou fora do site.
Eu não estou familiarizado com o Crashplan, mas suspeito que eles olham os metadados do arquivo para determinar se o arquivo foi alterado ou não, e como os metadados do arquivo provavelmente não serão afetados (a menos que seja o alvo do a corrupção, que será relativamente irrelevante ou fará com que qualquer validação de hash também falhe), ela não deve detectar nenhuma alteração no arquivo. Portanto, arquivos corrompidos não devem ser recuperados. Se você quiser ter certeza, configure suas soluções de backup para manter pelo menos algumas revisões antigas disponíveis no caso de um ser corrompido e salvo em tal estado.