Algumas coisas que você pede estão cobertas no repositório dotfiles de Nicolas Gallagher, que eu acho bastante útil: link
Muitas configurações do OS X e do aplicativo da Apple (comportamento do ambiente de área de trabalho, configurações de spotlight / finder / etc ...) podem ser configuradas via linha de comando usando a ferramenta defaults , dê uma olhada neste arquivo do repositório que mencionei: link
A instalação de aplicativos de desktop de terceiros pode ser automatizada a maior parte do tempo usando o brew cask .
Além disso, você também pode querer dar uma olhada no boxen , uma ferramenta que usa o fantoche para automatizar a configuração de macs que foi desenvolvida e é usada no GitHub: link