Quando você configura um editor externo no Cyberduck (ou qualquer cliente FTP / SFTP), o Cyberduck faz o download do arquivo editado para uma pasta temporária local; executa o editor (Sublime) para abrir o arquivo local; e reenvia o arquivo editado de volta para FTP / SFTP.
Assim, o editor (Sublime) nem sequer sabe que o arquivo é proveniente de FTP / SFTP, permite apenas acessar o site FTP / SFTP para exibir a árvore.
Embora existam plug-ins de FTP / SFTP para o Sublime. Se você usar esse plug-in, poderá trabalhar com arquivos FTP / SFTP remotos, como locais. Você não precisará usar o Cyberduck.