A opção fdupes delete destina-se apenas à exclusão de duplicatas. Ele exige que você preserve pelo menos um dos arquivos duplicados, pois, depois de excluir todas as duplicadas, exceto uma, essa última não é mais uma duplicata, portanto, ela está fora do domínio fdupes .
Dito isto, há momentos em que você deseja excluir todos os arquivos de qualquer maneira. Então eu fiz um patch para fdupes que adiciona uma opção none! no prompt de preservação. Os mantenedores fdupes terão que decidir se aceitarão ou não este patch, mas enquanto isso, você mesmo poderá criá-lo se a sua máquina estiver configurada para desenvolvimento:
git clone -b preserve-none [email protected]:Motardo/fdupes.git
cd fdupes
make fdupes
sudo make install