Os discos são organizados em clusters. Cada cluster é um múltiplo de um setor de disco rígido (512 bytes). Inicialmente, um diretório é um tamanho de cluster grande (por exemplo, 4.096 bytes). Mesmo se houver apenas um arquivo no diretório, o diretório aparecerá como 4.096 bytes. Os diretórios maiores, contendo muitos arquivos, podem ter 8,192 bytes, 16.384 bytes, etc. O Linux, como qualquer outro sistema existente, só pode ser alocado em tamanhos de cluster. Essa é uma eficiência que permite tabelas de inodes menores, em detrimento de alguma perda de espaço utilizável. Por exemplo, um arquivo de texto com a letra "a" também ocupa 4.096 bytes na unidade. Um inode é basicamente um alias para um cluster.