O problema é provavelmente devido à autenticação do soquete ser ativada para o usuário root por padrão quando nenhuma senha é configurada, durante a atualização para o 16.04. Esta importante advertência está documentada nas 16.04 notas de lançamento :
O comportamento de senha quando a senha raiz do MySQL está vazia foi alterada. Empacotando agora permite autenticação de socket quando a raiz do MySQL senha está vazia. Isso significa que um usuário não root não pode efetuar login como Usuário root do MySQL com uma senha vazia.
Por alguma razão, o MySQL Workbench que veio com o 16.04 não funciona com o servidor MySQL, pelo menos para mim. Eu tentei usar "Local Socket / Pipe" para conectar de várias maneiras diferentes, mas sem sucesso.
A solução é reverter para a autenticação de senha nativa. Você pode fazer isso fazendo login no MySQL usando a autenticação de soquete fazendo:
sudo mysql -u root
Uma vez logado:
ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password';
que será revertido para a autenticação de senha nativa (padrão antigo). Se você tentou algum outro método para corrigir o problema, você deve certificar-se de que o campo "plugin" no mysql.user está configurado para "auth_token", que pode requerer o uso do mysqld_safe para efetuar login no MySQL no caso de você tenho mexido com as coisas, como eu fiz.
Crédito para Postagem no blog de Miguel Nieto para esta solução.