No Dash, os aplicativos são representados por .desktop files. Esses arquivos estão localizados em /usr/share/applications ou ~/.local/share/applications .
O que você vê no Dash não é o nome do arquivo desses .desktop arquivos, mas o nome (aplicativo) definido na linha Name= , dentro do arquivo.
Quando você tem aparências duplicadas do mesmo aplicativo no Dash, isso quase certamente significa que você tem arquivos da área de trabalho em /usr/share/applications ou ~/.local/share applications com um nome diferente arquivo , mas representando o mesmo aplicativo e com a mesma linha Name= .
Este é, por exemplo, o resultado quando copio o arquivo gedit.desktop, renomeio para monkey.desktop e copio para /usr/share/applications :
No seu caso, é provavelmente o resultado de novas versões instaladas de aplicativos que você já instalou; essas novas versões instalam novos arquivos .desktop , mas com um nome (arquivo) ligeiramente diferente.
O que você deve fazer é olhar dentro dos dois diretórios, encontrar esses arquivos "quase duplicados" .desktop , remover os mais antigos e manter os mais recentes.
Mais algumas informações
Dos dois locais: /usr/share/applications e ~/.local/share/applications , o último tem precedência. Se houver dois arquivos .desktop com o mesmo nome de arquivo em ambos os diretórios, o local aparecerá no Dash (se apenas copiado, será necessário fazer logout / login). É por isso que normalmente é uma boa prática primeiro copiar um arquivo .desktop para o diretório local (para adicionar itens à lista rápida do inicializador, por exemplo) antes de editar, e deixar o global intocado.
Se você instalar uma versão mais recente de algum software e o nome do arquivo .desktop recém-instalado diferir do antigo (e o antigo não for removido por algum motivo), o aplicativo será tem várias ocorrências no Dash. O mesmo acontece quando o arquivo .desktop é substituído, mas as pessoas esquecem que têm uma versão local (editada) do arquivo .desktop .