Eu encontrei minha resposta usando () no campo de pesquisa e \ no campo de substituição.
Por exemplo, para fazer o que eu queria, eu usaria o seguinte:
- No campo de pesquisa:
(.*.)\r\n(.*.)\r\n(.*.)\r\n(.*.)
- No campo de substituição:
\r\n STRING TO BE CHANGED\r\n\r\n