É uma escolha puramente pessoal. Se a partição for preenchida e você precisar instalar ou atualizar o software, talvez seja necessário redimensionar a partição. Tenha cuidado, no entanto, como redimensionar uma partição pode levar à perda de dados.
Por conveniência, é muito mais fácil usar uma única partição que abranja todo o disco - assim você não precisa se preocupar com mover / redimensionar partições, no entanto, você não tem a separação entre uma partição do sistema operacional e uma separada. data "partição - caso você tenha que reinstalar seu sistema operacional, por exemplo. Com duas partições, você pode manter seus dados em uma partição, reinstalar o SO que está na outra partição e seus dados pessoais ficarão bem.
Outra coisa a observar é que as partições ainda residem no mesmo disco físico (se você tiver apenas um disco, isto é) para que você não tenha nenhuma proteção contra falhas de disco.
Se "eu" estivesse fazendo isso, usaria uma partição grande (o disco inteiro) e garantiria um backup regular dos meus arquivos mais importantes (armazenamento na nuvem, USB, NAS etc.) - mas isso é uma resposta baseada em opinião, então você deve tomar uma decisão que funcione para você.