O Apache pesquisará recursivamente na árvore por arquivos .htaccess, em todo acesso, e é por isso que os arquivos .htaccess (ou seja, qualquer coisa além de AllowOverride none ) são uma má idéia se você quiser alto desempenho. Se puder, coloque as diretivas na própria configuração e desative AllowOverride .
Talvez Adicionar um segmento <Directory> com AllowOverride none para o diretório pai possa ajudar.
