Fazer backup do homedir de um usuário pode ter problemas se executado pelo usuário enquanto os aplicativos estão em execução, já que os aplicativos podem manter arquivos abertos e / ou adicionar / remover arquivos e diretórios e interferir no processo de backup.
Muito melhor (se possível) é criar o backup como root enquanto o usuário está desconectado.
Como alternativa, tente minimizar o número de aplicativos que você está executando ao fazer o backup (saia da GUI e execute o cmd do rsync em um terminal de linha de comando).
Finalmente - alguns aplicativos usam caracteres especiais em seus nomes de arquivos / dir que podem confundir vários utilitários. Para isso, você precisa acompanhar as ocorrências (melhor redirecionar a saída para um arquivo) e manipulá-las manualmente, usando soluções alternativas (escape dos caracteres, uso da tecla TAB para autocompletar arquivo / dir nomes ou até mesmo outros utilitários de cópia), conforme necessário.