Supondo que você esteja em um Windows recente ... eu quebraria isso em duas etapas.
CD para "Biblioteca" e ...
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Remova arquivos em pastas sem e-books:
for /f "delims=" %F in ('dir /s/b/a-d *.opf') do dir /b "%~pF*.pdf" "%~pF*.epub" "%~pF*.mobi" || del "%~pF*.*"
(Se você tiver muitos arquivos para apagar, adicione a opção / q para del não ter prompts)
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Deletar recursivamente diretórios vazios no Windows :
for /f "delims=" %D in ('dir /s/b/ad ^| sort /r') do rd "%D"