Abra seu terminal e digite os textos abaixo
nano /etc/apt/sources.list
Depois disso, limpe o arquivo de texto e cole
#deb cdrom:[Debian GNU/Linux 7.0 _Kali_ - Official Snapshot amd64 LIVE/INSTALL Binary 20141002-11:29]/ kali contrib main non-free
#deb cdrom:[Debian GNU/Linux 7.0 _Kali_ - Official Snapshot amd64 LIVE/INSTALL Binary 20141002-11:29]/ kali contrib main non-free
deb http://http.kali.org/kali kali main non-free contrib
deb-src http://http.kali.org/kali kali main non-free contrib
## Security updates
deb http://security.kali.org/kali-security kali/updates main contrib non-free
Depois disso, salve o arquivo e saia.
Em seguida, digite terminal
apt-get update && apt-get upgrade
Se falhar, tente duas ou três vezes. Lembre-se de não usar repositórios de terceiros.