Eu comparei o arquivo prefs.js usado pelo Thunderbird no Windows com prefs.js do meu Ubuntu Thunderbird e descobri o problema:
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user_pref("mailnews.display.html_as", 0);
Foi 1 no Ubuntu e inexistente no meu perfil do Windows. Configurando-o para o valor padrão de 0 trouxe de volta meu conteúdo remoto.
Para a barra que pergunta se quero carregar conteúdo remoto, preciso definir
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user_pref("mailnews.message_display.disable_remote_image", true);
Mais uma vez, foi false no Ubuntu e inexistente no Windows.
Também foi útil
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user_pref("mailnews.display.prefer_plaintext", true);
que foi false no Ubuntu e inexistente no Windows.
Para eliminar o problema que tive, edite / adicione as respectivas linhas no prefs.js do Thunderbird.