Esta é a explicação da FAQ oficial do Wine :
6.2 Devo usar o Wine como root?
NUNCA rode o Wine como root! Ao fazer isso, os programas (e vírus) do Windows têm acesso total ao seu computador e a cada mídia anexada a ele. Executar com
sudotambém apresenta os mesmos riscos, mas com a vantagem adicional de quebrar as permissões na sua pasta~/.wineno processo. Se você executou o Wine comsudo, será necessário corrigir os erros de permissão, conforme descrito na próxima pergunta, e executarwinecfgpara definir o Wine novamente. Você deve sempre usar o Wine como usuário normal que você usa para fazer o login.Para sistemas Linux, todas as ideias que o Wine precisa de raiz podem ser resolvidas através dos recursos do Posix ou dos recursos do arquivo Posix ou da correção de outras configurações de segurança.
No que diz respeito aos programas do Windows, você está executando com privilégios de administrador. Se um aplicativo reclamar da falta de privilégios de administrador, registre um bug; Correndo Wine como root provavelmente não vai ajudar.