Como você percebe, o filtro amerge combinou as duas entradas estéreo em uma saída de quatro canais. O layout atual de 4 canais:
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c0é o canal esquerdo deL.wav -
c1é o canal certo deL.wav -
c2é o canal esquerdo deR.wav -
c3é o canal certo deR.wav
Você pode adicionar o filtro pan para misturar os canais desejados novamente em uma saída estéreo. Até onde posso dizer, você quer que c0 seja o canal esquerdo de sua saída e c2 seja o canal certo:
ffmpeg -i L.wav -i R.wav \
-filter_complex "[0:a][1:a]amerge=inputs=2,pan=stereo|c0=c0|c1=c2[a]" \
-map "[a]" -c:a libvorbis -q:a 5 out.ogg
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Eu geralmente adiciono explicitamente a opção
inputaamerge. O padrão é2, mas eu faço isso caso eu use mais de 2 entradas; de outra forma sendo esquecido e muitas vezes preguiçoso eu posso configurá-lo corretamente. -
-f oggé supérfluo neste caso, pois detectará o formato adequado usando o nome do arquivo de saída. -
Veja FFmpeg Wiki: Manipulação de Canais de Áudio para mais exemplos.