Isso pode ser feito adicionando outra coluna com a função Subtotal. Suposição:
1 - Primeira linha é linha de cabeçalho
2 - Nova coluna adicionada é "A" à esquerda de Dados
3 - O filtro é aplicado na coluna "C".
A2 =SUBTOTAL(3,$C$2:C2)
A3 =SUBTOTAL(3,$C$2:C3)
...
Quando você aplicar um filtro, os valores na Coluna "A" serão atualizados com a primeira linha visível mostrando "1" no Col-A, mesmo que o número real da linha seja 1000.
Eu já usei com sucesso anteriormente. A única limitação é que é um cálculo intensivo, portanto, use com cautela.