O ffmpeg por si só não pode fazer isso. Você precisa descobrir a duração do segmento individual, pois não há como especificar uma duração mínima.
Para isso, você provavelmente faria uma iteração no comprimento total do vídeo duas vezes. Na primeira execução, determine o comprimento dos segmentos. Se você achar que o último segmento é menor do que, digamos, 15 segundos, basta ajustar a duração do segundo para o último. Isso pode ser feito facilmente com linguagens de script.
Depois disso, você precisa informar às segment
muxer as durações individuais dos segmentos:
-segment_times 0,30,60,80