Os drivers nVidia são unificados. Se você baixar o pacote de drivers para os dois cartões, é provável que eles sejam exatamente o mesmo arquivo. Se for esse o caso, o único driver deve funcionar com ambos os cartões.
Se os arquivos forem diferentes, instale o driver com o número da versão mais antiga primeiro. Dessa forma, a versão mais recente do driver da outra placa atualizará itens como o painel de controle da nVidia, mas deixará o arquivo real do driver apenas para a outra placa.