A probabilidade é que o estágio de ganho na configuração do amplificador / alto-falante seja tão alto que você esteja levantando o ruído de fundo normalmente imperceptível inerente à placa de som do computador a níveis irritantes.
A solução mais simples é aumentar a placa de som para o volume total e, em seguida, ajustar o volume do amplificador para baixo, o que reduzirá o ruído de fundo. Os amplificadores / alto-falantes provavelmente são mais do que capazes de lidar com a saída do computador no volume máximo - mas se você começar a ouvir qualquer distorção, basta recuar o volume do computador um pouco & compensar o amplificador.
Para eliminar completamente o ruído de fundo, você provavelmente precisaria de uma placa de som dedicada; o over-usb externo forneceria o melhor isolamento da interferência do computador.