O arquivo em lote parece bem para mim e funciona aqui (contanto que você tenha direitos de criação de diretórios em Arquivos de Programas , então você pode querer executá-lo a partir de um prompt de comando elevado (admin) ).
Uma dica é modificar ligeiramente o teste de existência de diretório. Em vez de:
IF EXIST "C:\Program Files\NexphaseV6\ECF"
você deve usar:
IF EXIST "C:\Program Files\NexphaseV6\ECF\"
Observe a barra invertida. Isso garante que, se houver um arquivo com o mesmo nome, o teste não retornará True.