Pode ser que o cache do PackageKit esteja sendo preenchido. O PackageKit é usado pelo GNOME para lidar com atualizações. Se você usar o Yum ou o DNF no CLI, não precisará deles. Você pode remover os arquivos .rpm em /var/cache/PackageKit/metadata/updates/packages
e definir o PackageKit para não armazená-los por mais tempo.
Existe uma configuração no arquivo /etc/PackageKit/PackageKit.conf
# Keep the packages after they have been downloaded
#KeepCache=false
Como root, remova a marca de hash nesta opção de configuração e os pacotes não serão salvos.