Eu uso muito as alterações de controle no Word 2010 (e anteriormente em 2007), e geralmente deixo alterações controladas ao aceitar as alterações. O único problema que tive é que, se houver muitas alterações e comentários, o Word algumas vezes irá ignorar a primeira vez. Geralmente isso só faz isso com a formatação de parágrafos. Não sei se isso foi alterado no Word 2013 ou no Office 365.
Você está editando suas alterações enquanto as revisa? Em caso afirmativo, o Word começará a procurar após a alteração que você acabou de criar, a menos que você o mova de volta antes.