Como @ wbeard52 afirmou que você precisará de colunas auxiliares
No final, seus dados ficarão assim:
A B C D
1 2 Y 2 #N/A
2 4 N #N/A 4
3 3 N #N/A 3
4 2 Y 2 #N/A
Para conseguir isso, você precisará das seguintes fórmulas
Em C1 (e copiado para baixo)
=IF(B2="Y",A2,NA())
Em D1 (e copiado para baixo)
=IF(B2="N",A2,NA())
Em seguida, você criará um gráfico de colunas empilhadas com a coluna C como os valores Y e a coluna D como os valores N. E pode colori-los como quiser.