Eu finalmente descobri a resposta para a verdadeira pergunta que estava fazendo. "Ubuntu seria tomado por RetroPie, ou seria executado em uma janela."
Eu assisti a este vídeo de instruções de instalação que mostrou a instalação, como executá-lo e como escapar dele e volte para a área de trabalho.
Eu sei que as instruções para a instalação são as mesmas que já foram postadas, aqui e no github, mas nenhuma delas explicou se a GUI iria assumir meu ambiente de desktop Ubuntu ou não. Agora sei que ele será executado como um aplicativo normal de tela inteira, que você pode encerrar facilmente quando terminar de jogar com ele.