O Notepad ++ não oferece isso nativamente. Você pode alternar entre os dois idiomas, mas não selecionar dois idiomas ao mesmo tempo.
O Notepad ++ suporta, no entanto, adicionar seu próprio idioma. Então, em teoria, você deve ser capaz de construir sua própria linguagem que combine os dois juntos usando seu próprio destaque.
Mas criar sua própria cópia do idioma em questão pode ser difícil. O arquivo stylers.model.xml contém toda a configuração de cores, mas não o dicionário por trás dele.
O arquivo langs.model.xml tem todas as funções, portanto, exportar um UserStyle e, em seguida, copiar / colar entre os 3 arquivos será um trabalho tedioso, mas deverá permitir que você construa algo.
Cabe a você determinar se você realmente precisa disso, ou que vai se contentar apenas em alternar entre o realce de sintaxe de scripts SQL e shell.
EDIT: Eu suponho que na mesma fassion, você poderia editar o arquivo langs.model.xml e stylers.model.xml depois de fazer um backup e hackear o suporte a SQL no layout do script.
EDIT2: Apenas tentei combinar php, html e sql no estilo php, mas não parece fazer nenhuma mudança. Então, aparentemente, é mais do que apenas editar esses dois arquivos e reiniciar o bloco de notas, e pode até não ser possível.