Eu tive um problema parecido com o Gwibber.
Eu resolvi isso editando o arquivo /etc/xdg/autostart/gwibber.desktop
(em um terminal, coloque: sudo gedit /etc/xdg/autostart/gwibber.desktop
sem as aspas) e alterando o valor de "X-GNOME-Autostart-Delay" de 30 para 5.
Espero que isso ajude.