O Sphinx não possui uma dependência necessária e o script de configuração está interpretando mal o motivo da falha. Instalar a versão correta da glibc resolveu o problema.
Estou postando isso porque não houve hits relevantes do Google para a mensagem de erro que estava recebendo.
Eu usei o seguinte procedimento para identificar o problema:
~# pecl download sphinx
downloading sphinx-1.3.2.tgz ...
Starting to download sphinx-1.3.2.tgz (15,282 bytes)
.....done: 15,282 bytes
File /root/MP/sphinx-1.3.2.tgz downloaded
~# tar -xf sphinx-1.3.2.tgz
~# cd sphinx-1.3.2/
~/sphinx-1.3.2# phpize
Configuring for:
PHP Api Version: 20131106
Zend Module Api No: 20131226
Zend Extension Api No: 220131226
~/sphinx-1.3.2# ./configure
[... same output as above ...]
~/sphinx-1.3.2# less config.log
[...]
configure:4059: checking for sphinx_create in -lsphinxclient
configure:4084: cc -o conftest -g -O2 -Wl,-rpath,/usr/local/lib -L/usr/local/lib -lm conftest.c -lsphinxclient >&5
/usr/local/lib/libsphinxclient.so: undefined reference to '__fdelt_chk@GLIBC_2.15'
/usr/local/lib/libsphinxclient.so: undefined reference to 'memcpy@GLIBC_2.14'
[...]