Você deve ser capaz de especificar diferentes taxas de atualização para cada monitor, desde que o monitor e sua placa de vídeo suportem a (s) taxa (s) de atualização em questão.
Por minha própria observação no Windows 7 Enterprise 64 bits, cada um dos meus quatro monitores tem seu próprio controle de taxa de atualização. Três deles estão funcionando a 60 Hz e o quarto a 59 Hz.
OComentador stinkyaddy no fórum tested.com confirma isso também:
I have a second monitor that is 30hz and a 60hz with both different rezolutions and it work fine
( Source )