Não encontrei uma resposta para a pergunta original, enquanto o codec de vídeo é desconhecido, mas encontrei uma técnica para resolver o meu problema:
A máquina Win98 possui o codec de vídeo de 16 bits (codec de transparência especial de um videogame) instalado. Então, eu posso reproduzir o vídeo Eu instalei o VirtualDub no Win98, e assim eu poderia substituir a faixa de áudio, e para a parte de vídeo, eu poderia fazer "cópia de fluxo direto".
Tecnicamente, também deve ser possível fazer uma cópia de fluxo direto sem o codec de vídeo, mas o VirtualDub rejeita a abertura de um vídeo em que o codec de vídeo não esteja instalado.